El equipo de fútbol de Atapuerca se proclamó por segundo año consecutivo campeón del Trofeo Interdiputaciones de Fútbol 2009 disputado el pasado 21 de noviembre en La Granja de San Ildefonso (Segovia). Encuadrado en el Grupo B con el equipo soriano del San Esteban de Gormaz y el salmantino de Béjar, tuvo un comienzo cómodo venciendo 3-0 a los sorianos para luego empatar a 2 goles con los de Béjar. La diferencia de goles con éste ultimo le permitió auparse a la primera posición que le daría derecho a jugar la final. En el Grupo A destacó el equipo vallisoletano de Mojados que tras golear por 4-1 al Casla (Segovia) y empatar a 0 goles con el palentino de la Acera de la Vega sería el equipo que disputara la final con el Atapuerca. Y la final se resolvió de la mejor manera posible para el equipo burgalés, con una goleada de 3 goles a 0 consiguió por segundo año consecutivo el campeonato y dejó patente sobre el cesped el buen nivel de los equipos burgaleses que disputan año tras año el Trofeo Diputación de Burgos.